A través del Decreto de Nueva Planta de 1716, Felipe V de Borbón adjudica la gestión de las representaciones del teatro a jurisdicción militar, a pesar de seguir perteneciendo al Hospital de la Santa Creu. Entonces, empiezan las obras para la reparación del teatro a cargo de la Capitanía General. La reforma fue importante y no se limitó a la arquitectura, alcanzando aspectos administrativos.
En 1720, el último brote de Peste negra surgido en Marsella amenazó con llegar y propagarse por la Península, por lo que para evitar aglomeraciones y contagios, quedaron suspendidas las representaciones teatrales, corridas de toros y otras actividades públicas.
En 1723, los Administradores recurren a la Capitanía General para pedir la reapertura del Teatro trasladándose la petición al Marqués de Miraval. En 1724, se retoman esporádicamente las representaciones teatrales y entre 1728 y 1729, importantes obras de reforma son finalmente llevadas a cabo en el. El teatro de la Santa Creu se amplía gracias a la adquisición de unas casas colindantes y el techo es reparado.
En 1731, el príncipe y futuro rey Carlos III de Borbón, visita Barcelona, pero el Ayuntamiento considerando el teatro un lugar impropio para acoger a su majestad, escogió el Salón Grande de Palacio como lugar para la representación de la Zarzuela Adonis y Venus.
En 1746, volvemos a encontrar noticias de actividad teatral. En concreto, de la representación de la Zarzuela dedicada a la mujer del Capitán General Una vez de Amor la Paz. El teatro pasó pues a ser un espacio para celebrar fiestas oficiales hasta el mes de julio, cuando muere Felipe V y los teatros, en señal de luto, tendrán que permanecer cerrados.