A través del Decret de Nova Planta del 1716, Felipe V de Borbó adjudica la gestió de les representacions del teatre a jurisdicció militar, malgrat continuar pertanyent a l'Hospital de la Santa Creu. Llavors, comencen les obres per a la reparació del teatre a càrrec de la Capitania General. La reforma va ser important i no es va limitar a l'arquitectura, abastant aspectes també administratius.
Al 1720, l'últim brot de Pesta negra sorgit a Marsella va amenaçar d'arribar i propagar-se per la Península. Pel que, per tal d'evitar aglomeracions i contagis, van quedar suspeses les representacions teatrals, curses de braus i altres activitats públiques.
Al 1723, els Administradors recorren a la Capitania General per a demanar la reobertura del Teatre traslladant-se la petició al Marquès de Miraval. Al 1724, es reprenen esporàdicament les representacions teatrals i entre 1728 i 1729, importants obres de reforma són finalment dutes a terme en ell. El teatre de la Santa Creu s'amplia doncs gràcies a l'adquisició d'unes cases colindants i el sostre és reconstruït.
Al 1731, el príncep i futur rei Carles III de Borbó, visita Barcelona, però l'Ajuntament considerant el teatre un lloc impropi per a acollir la seva majestat, va triar el Salón Grande de Palacio com a lloc per a la representació de la Sarsuela Adonis y Venus.
Al 1746, tornem a trobar notícies d'activitat teatral. En concret, de la representació de la Sarsuela dedicada a la dona del Capità General Una vez de Amor la Paz. El teatre va passar doncs a ser un espai per a celebrar-hi festes oficials fins al mes de juliol, quan mor Felip V i els teatres, en senyal de dol, hauran de romandre tancats.